分公司是總公司的分支機構，法律上并非完全獨立的法律主體，經營上是不是相對獨立的經營主體從實務中有兩種情況：一是分公司只承擔某一項經營職能，如倉儲、營銷等單一職能，而不是全面從事經營活動的分支機構。二是分公司獨立從事經營活動，通常承擔某一區域或者某一類型業務的經營活動，但即便如此，分公司也不是獨立的法律主體，不具有獨立承擔民事權利和民事義務的能力。因此嚴格來講，不能夠獨立對外簽署協議，應由總公司簽署協議，交由分公司負責實施。但實務中也出現諸多分公司直接簽署協議的情況，建議拿到總部授權簽署協議的手續。
財務核算為業務活動服務，因此獨立核算或非獨立核算要看分支機構對于業務活動的職能。如果分公司只是總公司某一個職能部門的延伸，并不從事獨立經營活動，沒有自己的經營活動收入，無法獨立核算，通常采用非獨立核算，由總公司統一建賬，統一核算；如果分公司相對獨立從事完整經營活動，有收入，有對應的成本費用，從內部管理的角度也自然應當選擇獨立核算，因此需要單獨建賬，單獨開設分公司賬戶。
獨立核算分公司應單獨交納增值稅，同時所得稅按照稅法規定匯總繳納，但如果是跨省分公司會涉及分公司本地預交所得稅的情況。
非獨立核算分公司如果沒有完整經營活動，自然沒有收入，不涉及增值稅和所得稅問題，只需要將所花費成本并入總部核算即可。但實務中稅務機關通常認為既然已經設立了分公司，就是從事經營活動，就必須辦理稅務登記，同樣也必須按照稅法規定正常申報納稅。這給企業帶來了巨大困擾，使得實務中非獨立核算分公司變得非常尷尬。
分公司無論是否選擇獨立核算，均需要辦理工商登記和稅務登記，稅務機關也必然要求申報納稅；異地外派部門如果并不從事獨立經營活動，不要選擇分公司模式，直接設立辦事處即可，不需要辦理工商和稅務登記；如果設立分公司，建議直接設立獨立核算分公司，避免未來由于未獨立建賬給納稅管理帶來麻煩，尤其是所得稅繳納和分公司當地申報，因此要設立就設立獨立核算，未獨立核算分公司不如設立辦事處。